Dalam waktu dekat, kenaikan permukaan laut yang tiba-tiba dan tidak dapat dijelaskan telah membuat sebagian besar peradaban manusia terendam air. Ikaruga Natsuki, seorang anak laki-laki yang kehilangan ibu dan kakinya dalam sebuah kecelakaan beberapa tahun sebelumnya, kembali dengan rasa kecewa dari kehidupan yang keras di kota besar dan mendapati rumah pedesaan lamanya setengah tertelan oleh laut. Ditinggal tanpa keluarga, yang dimilikinya hanyalah kapal dan kapal selam yang diwariskan oleh neneknya yang seorang ahli kelautan, dan utang-utangnya.
Satu-satunya harapannya untuk mengembalikan impian masa depannya yang telah hilang adalah dengan memanfaatkan kesempatan yang diberikan kepadanya oleh penagih utang yang mencurigakan, Catherine. Mereka berlayar untuk mencari reruntuhan laboratorium neneknya yang tenggelam untuk menemukan harta karun yang menurut rumor ditinggalkannya di sana. Namun, yang mereka temukan bukanlah kekayaan atau permata; melainkan seorang gadis aneh yang tertidur di dalam peti mati di dasar laut. Atri.
Atri adalah robot, tetapi penampilannya dan kekayaan emosinya akan menipu siapa pun hingga mengira dia adalah manusia yang hidup dan bernapas. Sebagai rasa terima kasih karena telah diselamatkan, dia membuat pernyataan kepada Natsuki: “Aku ingin memenuhi perintah terakhir tuanku. Sampai aku melakukannya, aku akan menjadi kakimu!”
Di sebuah kota kecil yang perlahan-lahan diselimuti oleh lautan, musim panas yang tak terlupakan akan segera dimulai bagi anak laki-laki ini dan gadis robot misterius ini…
(Sumber: Aniplex.EXE, diedit)
